Vào ngày 25 tháng 8 năm 2007, Puerta ngã quỵ và bất tỉnh trong vòng cấm do bị ngừng tim trong trận đấu La Liga đầu tiên của Seville trong chiến dịch 2007-08 tại sân nhà Sánchez Pizjuán với Getafe CF. Người ta thấy anh đang cúi xuống và sau đó một lần nữa gục ngã khi quay trở lại đội của mình chỉ sau 35 phút của trận đấu, khi các đồng đội Ivica Dragutinovic và Andrés Palop ngay lập tức chạy đến bên anh ta khi anh bất tỉnh; Một lúc sau, nhân viên y tế của câu lạc bộ và những người chơi khác cũng làm theo. Sau khi hồi phục và được thay ra, Puerta đã có thể đi bộ đến phòng thay đồ, nơi anh lại sụp đổ một lần nữa. Anh được các bác sĩ và nhiệm vụ cấp cứu, bằng xe cứu thương, đến phòng chăm sóc đặc biệt hoặc bệnh viện Virgen del Rocío, nơi anh được hồi sức tim phổi.

Puerta qua đời vào ngày 28 tháng 8 năm 2007 lúc 14:30.[7][8] Bác sĩ Francisco Murillo báo cáo rằng anh đã bị suy đa tạng và tổn thương não không hồi phục do hậu quả của nhiều lần ngừng tim do không thể chữa được, bệnh tim di truyền được gọi là bệnh cơ tim thất phải sinh loạn nhịp (ARVC).[9] Không có lời chính thức nếu anh đã từng được trang bị máy khử rung tim cấy ghép, một biện pháp phòng ngừa thiết yếu ở những người mắc bệnh; cái chết sớm của anh giống với những cái chết của Marc-Vivien Foé, Matt Gadsby, Miklós Fehér, Renato Curi, Serginho và Phil O'Donnell,..., tất cả các cầu thủ trên đều đã ngã gục xuống sân khi đang thi đấu và đều qua đời.

Bạn gái của Puerta đang mong đợi đứa con đầu lòng của họ vào lúc anh qua đời. Như một biểu hiện sự tôn trọng, các cầu thủ từ cả Sevilla và các đối thủ của thành phố Real Betis đã tham dự những ngày tang lễ của anh sau khi anh qua đời và sau đó, FIFA đã ra lệnh lắp đặt các phòng hồi sức ở mọi sân vận động tổ chức vòng loại World Cup.